南v所完成首次紫v胆全基因l测序和l装
q日Q中国水产科学研I南v水研究所创新团队成功完成了的全基因l测序,首次构徏了的染色体基因l图谱。相关研I成果发表在《Nature》子刊?em>Scientific data?《科学数据?上(联合培养士研究生张佛_郭禹博士文ƈ列第一作者,U传新博士ؓ通讯作者)?/p>
紫v胆是一U亚热带重要的vz高值经棘皮动物,分布于我国东南部沿vQ国外仅分布于日本南部沿P受栖息地衰退、过度捕捞、气候变化等因素影响Q自然资源日渐衰退Q揭C基因l信息可以推动人工J育技术的q步Q促q增养D业的发展。该论文采用Illumina二代、PacBio三代l合Hi-C序技术,首次构徏了的染色体基因l图谱,紫v胆基因组大小?91.02MbQcontig N50和scaffold N50长度分别?.81Mb?7.61Mb。U?9.52%的基因组序列锚定?1条染色体上,共注释到28966个蛋白质~码基因Q?4.58%的基因可以注释到NR、GO、KEGG{数据库中;寚w~码RNA注释Q共预测得到8,855个tRNAQ?02个rRNAQ?6个miRNAQ对假基因注释,得到183个假基因。该研究可ؓ紫v胆分子标记开发、基因定位与挖掘、全基因l水q的分子辅助育种{奠定重要的基础?/p>
该研I工作得C国家自然U学基金Q?2160863Q、中国水产科学研I南v水研究所所U基本科研业务费Q?023XK01Q、三亚崖z湾U技城项目(SKJC-2022-PTDX-014Q的支持?/p>
全文链接Q?a >https://doi.org/10.1038/s41597-024-03733-y